Финские части достигли этого внутреннего русского озера в первых числах октября 1941 года. Уже 2 октября на западные берег из Финляндии были перевезены 10 первых моторных катеров, а неделей позже - личный состав будущей Онежской флотилии. Из-за того, что перевезти туда большие корабли было невозможно, финнам пришлось довольствоваться захваченными бывшими пароходами - по большей части старыми и частично затопленными. Важнейшие из них:

"Курхумяки" (бывш. "Роза Люксембург") колесный пароход 3 х 75, 3 х 20-мм орудия;

"Контупохьа" (бывш. "Розали") - колесный пароход 2 х 75, 3 х 20-мм орудия;

"Илмари" (бывш. "Семга"), "Вяйне" (бывш. "Пескарь"), "Эркки" (бывш. "Буй"), "Урхо", "Лимо" - малые буксиры, вооруженные 1 - 2 х 45, 1 х 20-мм ор.

Кроме того, имелись еще некоторые невооруженные малые пароходы и катера.

В июне 1942 года на Онегу был доставлен захваченный 24 августа 1941 года в Финском заливе бронекатер № 215 с 76-мм орудием в танковой башне. Корабль получил название VTV-1 и в конце 1944 года был возвращен Советскому Союзу и после возвращения получил наименование БК-60.

Состав флотилии (4 морской батальон) менялся почти ежегодно. Здешняя советская флотилия сильно превосходила ее. Но лишь однажды - 4 сентября 1942 года - в южной части озера состоялся бой, к тому же безрезультатный. Из-за общей военной обстановки в июне 1944 года некоторые катера были уведены отсюда, а оставшиеся здесь были затоплены.

В области Петсамо (Северный Ледовитый океан) временно находился сторожевой катер "Турья" и лоцманский катер "Яямери", оба они были затоплены экипажами 3 декабря 1939 года в Линахамари. Поднятый "Турья" был в 1941 году переведен в Финляндию.

В 1940-41 гг на озере Сайми также временно находилась небольшая внутренняя озерная флотилия, состоящая из буксиров "Хаапаниеми", "Маисти", "Тайпале" и моторных катеров, но из-за быстрого наступления финнов летом 1941 года она не имела значение.